Il-kapella prezenti nbniet ghall-habta tal-1650 mis-sid stess, il-Baruni Gjacintu Cassia. Jinghad li qabilha kien hemm kapella ohra, izda ma tantx insibu informazzjoni fuqha. Fl-1615 thalliet renta ta’ 25 skud minn ghalqa maghrufa ‘ta’ Ximesi’ minn Giovanni Marija Cassia. Il-knisja prezenti fiha artal wiehed. It-titular jinsab fil-knisja parrokjali ta’ San Gorg. L-isem ta’ Santa Marija tal-Qrejca gej mill-fatt li fl-imghoddi nies fqar kienu jaghmlu l-visti tas-sebgha festi ghad unur Santa Marija, li dak iz-zmien kienu fil-limiti ta’ Hal Qormi. Il-pellegrini kienu jispiccaw f’din il-kapella u fejn il-prokuratur taghha kien isajjar majjal u jqassmu bicciet lill-pellegrini biex jitrejqu wara mixja twila. Kull pellegrin kien ukoll imissu parti mill-qarquca li kienet tifforma mix-xaham tal-majjal, u ghalhekk giet imlaqqma tal-Qrejca.